Shadow Empires introducerede et nyt koncept til spillet - fraktioner. Ved spillets begyndelse, vælger spillere deres folkeslag og der ud over en fraktion. Der er 5 fraktioner. Hver fraktion begynder spillet et forskelligt sted på kortet:

Imperiet – i midten	Dynastiet – mod sydøst
Rebellerne – mod nordvest	Horden – mod øst
Plyndrerne – mod nord

I begyndelsen, starter nye spillere fra en bestemt fraktion i samme region. Når den er fyldt, begynder nyere spillere at dukke op i en anden region i nærheden og så fremdeles. Det afhænger ikke længere af kvadrant eller afstand fra kortets centrum.

Regioner

Fraktioner bestemmer ikke kun spillernes startposition, de introducerer også et nyt niveau af samarbejde mellem spillere.

Regioner erobres nu af fraktioner, ikke af individuelle alliancer. Både fraktionen og alliancerne, der hjælper med at erobre regionerne, får sejrspoint. Det er dog kun en alliance, der har adgang til regionens oldtidskraft. Se artiklen om regioner og oldtidskræfter for flere detaljer.

Spillere og alliancer i fraktioner

Spillere vælger deres fraktion ved spillets start og kan ikke ændre dette valg.

En alliance tilhører samme fraktion som spilleren, der oprettede alliancen. Dette kan heller ikke ændres senere.

Spillere kan dog slutte sig til enhver alliance de ønsker. Så selv hvis du begyndte spillet med at spille for Rebellerne, kan du slutte dig til en alliance, der tilhører Horden eller enhver anden fraktion.